Rafael Cañizares nació en Terrassa en 1957.

A la edad de 13 años comenzó su formación musical y empezó a tocar en Peñas Flamencas de Barcelona. Desde muy temprana edad frecuentaba los tablaos flamencos y al 15 años debuta como acompañante de bailarines de flamenco, como tal, bien conocido en los tablaos como La Bodega del Toro y El Cordobés. A los 17 años fue seleccionado por el flamencólogo Carlos Almendros representando a la guitarra flamenca de Catalunya en el Concurso Internacional de Guitarra Flamenca de Jerez de la Frontera.

Rafael Cañizares se convirtió en uno de los más solicitados guitarristas para acompañar al cante en los festivales de Barcelona. Ha acompañado a figuras como: Fosforito, Perro de Paterna, Diego Clavel, Manuel Gerena, Curro de Utrera, El Cabrero, Manolo del Río, Curro de Lucena, La Galleguita, Miguel Vargas, Duquende, Chocolate, Curro Malena, La Niña de la Puebla, Ana Reverte, Roque Montoya Jarrito, Luis de Córdoba, Jiménez Rejano, La Galleguita, Pepe Núñez El Loreño y Jiménez Rejano. También ha colaborado con músicos como Carlos Benavent, Jorge Pardo, Salvador Niebla, Albert Pla, Ze Eduardo, etc.

En la década de los 80 Rafael Cañizares actuó como solista y primer guitarrista de Maruja Garrido durante más de seis años en el Tablao flamenco Los Tarantos, después de haber acompañado a algunos de los más representativos cantaores y bailaores del mundo flamenco en Barcelona como La Tani, Tamara Carmona, Faraón, Curro Garrido y Maruja Garrido etc.

En 1986 se trasladó a los Estados Unidos donde vivió durante seis años; allí Rafael Cañizares actuó como concertista en numerosos lugares aportando su conocimiento en la enseñanza a numerosos alumnos de Nueva York y Miami.

En 1992 regresó a Barcelona, donde pasó a formar parte del grupo de su hermano Juan Manuel Cañizares actuando junto a este en numerosos festivales de toda Europa. En 1993 recibió el primer premio nacional de Guitarra Flamenca ”Bordón Minero” en el XXIII Festival de la Minas en La Unión (Murcia).

Actualmente y desde hace seis años Rafael Cañizares es profesor en la Escuela Superior de Música de Cataluña (ESMUC) impartiendo clases de licenciatura de guitarra flamenca . También es el fundador y director de la primera escuela de Guitarra Flamenca creada en España, donde imparte clases de preparación y perfeccionamiento a los nuevos valores .